Read vcf — read_vcf • balselr

Read vcf

Usage

read_vcf(x = system.file(package = "balselr", "example.vcf"))

Arguments

x: The path and name of a vcf file

Value

Returns a data.table object containing only SNPs

Examples

read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf"))
#>        CHR   POS     ID    REF    ALT  QUAL FILTER
#>      <int> <int> <char> <char> <char> <int> <char>
#>   1:     1    92      .      A      C  1000   PASS
#>   2:     1   177      .      C      A  1000   PASS
#>   3:     1   283      .      T      C  1000   PASS
#>   4:     1   289      .      C      G  1000   PASS
#>   5:     1   327      .      G      T  1000   PASS
#>  ---                                              
#> 834:     1 29734      .      A      T  1000   PASS
#> 835:     1 29761      .      T      C  1000   PASS
#> 836:     1 29795      .      A      T  1000   PASS
#> 837:     1 29915      .      C      A  1000   PASS
#> 838:     1 29992      .      G      T  1000   PASS
#>                                                               INFO FORMAT
#>                                                             <char> <char>
#>   1: MID=895353;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=11051;MT=1;AC=216;DP=1000;AA=A     GT
#>   2: MID=945433;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=12425;MT=1;AC=216;DP=1000;AA=C     GT
#>   3:    MID=235854;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=3300;MT=1;AC=2;DP=1000;AA=T     GT
#>   4: MID=1126761;S=0;DOM=0.5;PO=2;GO=17442;MT=1;AC=20;DP=1000;AA=C     GT
#>   5:  MID=1283060;S=0;DOM=0.5;PO=2;GO=21752;MT=1;AC=8;DP=1000;AA=G     GT
#>  ---                                                                     
#> 834: MID=1335051;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=23012;MT=1;AC=53;DP=1000;AA=A     GT
#> 835:   MID=836084;S=0;DOM=0.5;PO=1;GO=10221;MT=1;AC=2;DP=1000;AA=T     GT
#> 836:  MID=1376811;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=23886;MT=1;AC=1;DP=1000;AA=A     GT
#> 837:    MID=741044;S=0;DOM=0.5;PO=1;GO=9225;MT=1;AC=2;DP=1000;AA=C     GT
#> 838: MID=1371340;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=23788;MT=1;AC=11;DP=1000;AA=G     GT
#>          i0     i1     i2     i3     i4     i5     i6     i7     i8     i9
#>      <char> <char> <char> <char> <char> <char> <char> <char> <char> <char>
#>   1:    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1
#>   2:    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1
#>   3:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
#>   4:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
#>   5:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
#>  ---                                                                      
#> 834:    0|0    0|1    0|0    0|0    1|1    0|0    0|1    0|0    0|1    0|0
#> 835:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
#> 836:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
#> 837:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
#> 838:    0|0    1|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
#>         i10    i11    i12    i13    i14    i15    i16    i17    i18    i19
#>      <char> <char> <char> <char> <char> <char> <char> <char> <char> <char>
#>   1:    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1
#>   2:    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1
#>   3:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
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#>   5:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
#>  ---                                                                      
#> 834:    0|0    0|0    0|0    0|1    1|0    0|0    1|0    0|0    0|1    0|0
#> 835:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
#> 836:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
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#> 838:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    1|0    0|0    0|1    0|0    1|0
#>         i20    i21    i22    i23    i24    i25    i26    i27    i28    i29
#>      <char> <char> <char> <char> <char> <char> <char> <char> <char> <char>
#>   1:    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1
#>   2:    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1
#>   3:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
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#>  ---                                                                      
#> 834:    1|0    0|0    0|1    1|1    0|0    0|1    0|0    0|0    0|0    0|0
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#> 836:    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0    0|0
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#>   1:    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1    1|1
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#>  ---                                                                      
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